Autentifikācija ar Igaunijas ID karti ir konfigurēta tīmekļa serverī tā, lai klienta lietotnēm tā būtu neredzama, un būtībā tā darbojas šādi:
1. Tīmekļa serveris pieprasa sertifikātu no apmeklētāja (no apmeklētāja tīmekļa pārlūkprogrammas; tas, kā apmeklētāja pārlūkprogramma to pieprasa no apmeklētāja, ir atkarīgs no konkrētās pārlūkprogrammas).
2. Pēc sertifikāta saņemšanas no tīmekļa pārlūkprogrammas tīmekļa serveris pārbauda sekojošo:
- sertifikātam JĀBŪT parakstītam ar AS Sertifitseerimiskeskus.
Ja šie divi nosacījumi ir izpildīti, virtuālajā serverī tiks parādīts aizsargātās direktorijas saturs vai tiks izpildīta atbilstošā PHP lietotne.